Karaçay-Çerkes 1922'de  özerk bölge (lavto-nomnıy oblast) statüsüyle Stavropol Eyaleti bün­yesinde kuruldu.

1926'da Karaçay Özerk Bölgesi (oblast), Çerkes ulusal Bölgesi (okrug) ve Batalpaşinsk ilçesi (rayonu) olarak üçe ayrıldı.

1931'de Batalpaşinsk ilçesi kaldırıldı ve toprakları Karaçay  ve Çerkes bölgeleri, Stavropol ve Krasnodar eyaletleri arasında paylaş­tırıldı. Karaçaylar, Alman ordusuyla işbirliği yaptıkları suçlamasıyla 1943'te Orta Asya'ya sürgün edildi. Karaçay Özerk Bölgesi kaldırı­larak toprakları Stavropol ve Krasnodar eyaletleri ile Gürcistan ara­sında paylaştırıldı. 1957'de Karaçayların dönmesine izin verilince Karaçay-Çerkes Özerk Bölgesi, Stavropol Eyaleti'ne bağlı olarak ye­niden kuruldu.

1990'da Karaçay-Çerkes Özerk bölge statüsünden Rusva Federasyonu’na bağlı federal cumhuriyet statüsüne geçti.